日本側の参加兵力は、以下のように決定された。


連合艦隊(主力部隊) 司令長官:山本五十六大将

第一戦隊
連合艦隊司令長官直率戦艦(ミッドウェー島砲撃部隊):大和、長門、金剛、
榛名、扶桑、伊勢
第七戦隊(ミッドウェー島砲撃支援隊) 司令官:栗田健男中将
重巡洋艦:三隈、最上、熊野、鈴谷
第三水雷戦隊 司令官:橋本信太郎少将 旗艦 軽巡洋艦:川内
第一一駆逐隊 司令:荘司喜一郎中佐
駆逐艦:吹雪、白雪、初雪、叢雲
第一九駆逐隊 司令:大江覧治大佐
駆逐艦:磯波、浦波、敷波、綾波
空母隊 司令:梅谷薫大佐(鳳翔艦長が兼務)
航空母艦:鳳翔
駆逐艦:夕風
特務隊 司令:原田覚大佐
水上機母艦:千代田、日進
油槽艦:鳴戸丸、東栄丸


第一艦隊(主力部隊) 司令長官:高須四郎中将

第二戦隊 
第一艦隊司令長官直率戦艦:日向、山城
第九戦隊 司令官:岸福治少将
軽巡洋艦:北上、大井
第二四駆逐隊 司令:平井泰次大佐
駆逐艦:海風、江風
第二七駆逐隊 司令:吉村真武大佐
駆逐艦:夕暮、白露、時雨
第二〇駆逐隊 司令:山田雄二大佐
駆逐艦:天霧、朝霧、夕霧、白雲
油槽艦:さくらめんて丸、東亜丸


第二艦隊(攻略部隊) 司令長官:近藤信竹中将

第四戦隊第一小隊 司令官:近藤信竹中将
重巡洋艦:愛宕、鳥海
第五戦隊 司令官:高木武雄中将
重巡洋艦:妙高、羽黒
第三戦隊第一小隊 司令官:三川軍一中将
戦艦:比叡、陸奥
第四水雷戦隊 司令官:西村祥治少将 旗艦 軽巡洋艦:由良
第二駆逐隊 司令:橘正雄大佐
駆逐艦:五月雨、春雨、村雨、夕立
第九駆逐隊 司令:佐藤康夫大佐
駆逐艦:朝雲、峯雲、夏雲、三日月
航空母艦:瑞鳳
油槽艦:健洋丸、玄洋丸、佐多丸、鶴見丸
第八駆逐隊 司令:小川莚喜大佐
駆逐艦:朝潮、荒潮
第二水雷戦隊(護衛隊) 司令官:田中頼三少将 旗艦 軽巡洋艦:神通
第一五駆逐隊 司令:佐藤寅治郎大佐
駆逐艦:親潮、黒潮
第一六駆逐隊 司令:渋谷紫郎大佐
駆逐艦:雪風、時津風、天津風、初風
第一八駆逐隊 司令:宮坂義登大佐
駆逐艦:不知火、霞、陽炎、霰
哨戒艇:哨戒艇1号、2号、34号
油槽艦:あけぼの丸
第一一航空戦隊 司令官:藤田類太郎少将
水上機母艦:千歳、神川丸
駆逐艦:早潮
哨戒艇:第35号哨戒艇
工作船:明石
ミッドウェー諸島占領隊
輸送船18隻(清澄丸、ぶらじる丸、あるぜんちな丸、北陸丸、吾妻丸、霧島丸、第2東亜丸、鹿野丸、明陽丸、山福丸、南海丸、善洋丸 )
油槽艦:日栄丸
第二連合特別陸戦隊 司令官:大田実(海軍)大佐
横五特(横須賀第五特別陸戦隊)、呉五特、第一一設営隊、第一二設営隊、
第四測量隊陸軍一木支隊 支隊長:一木清直(陸軍)大佐


第一航空艦隊(第一機動部隊) 司令長官:南雲忠一中将

第一航空戦隊 司令官:南雲忠一中将
航空母艦:赤城(零戦21 九九艦爆21 九七艦攻21)、加賀(零戦21 九九艦爆21 九七艦攻30)
第二航空戦隊 司令官:山口多聞少将
航空母艦:飛龍(零戦21 九九艦爆21 九七艦攻21)、蒼龍(零戦21 九九艦爆21 九七艦攻21)
第四航空戦隊 司令官︰山口多聞少将
航空母艦︰龍驤(零戦30 九九艦爆9 九七艦攻9)、隼鷹(零戦13 九九艦爆20 九七艦攻20)
第八戦隊 司令官:阿部弘毅少将
重巡洋艦:利根、筑摩
第三戦隊第二小隊
戦艦:霧島
第十戦隊 司令官:木村進少将 旗艦 軽巡洋艦:長良
第四駆逐隊 司令:有賀幸作大佐
駆逐艦:嵐、野分、萩風、舞風
第十駆逐隊 司令:阿部俊雄大佐
駆逐艦:風雲、夕雲、巻雲、秋雲
第十七駆逐隊 司令:北村昌幸大佐
駆逐艦:磯風、浦風、浜風、谷風 油槽艦:東邦丸、極東丸、日本丸、国洋丸、神国丸、日朗丸、豊光丸、第2共栄丸


第六艦隊(先遣部隊) 司令長官:小松輝久中将

本隊軽巡洋艦:香取
第八潜水戦隊(先遣支隊)潜水母艦:愛国丸、報国丸 潜水艦:伊15、伊17、伊19、伊25、伊26、伊174、伊175、伊122
第三潜水戦隊潜水母艦:靖国丸 潜水艦:伊168、伊169、伊171、伊172、
伊9、伊123
第五潜水戦隊潜水母艦:りおで志゛やねろ丸 潜水艦:伊156、伊157、
伊158、伊159、伊162、伊164、伊165、伊166、伊121